В начале игры Ник Скрайер не помнит о себе ничего. После того как он попал в плен, Ника освобождает Сара, которая даёт ему препарат, возвращающий память и утраченные способности.

Нику приходится также сражаться с множеством бывших пси-оперативников, сбежавших вместе с генералом который являлся лидером проекта «PSI-Ops». Каждый специализируется в «своей» способности (например, первый босс — эксперт по управлению разумом) и намного сильнее Ника в ней. По-одному, Ник побеждает их, обычно используя комбинации своих более слабых способностей.

По мере продвижения по организации, Ник узнаёт о загадочных пси-активных предметах которые были в центре всех войн за последние сто лет (возможно, включая Вторую мировую войну). В то же время, он начинает замечать загадочное поведение Сары, которая постоянно «переключается» между врагом и союзником. Позже становится известно старое клише — у Сары есть «злая сестра-близнец», которую Сара в конце игры убивает сказав фразу - "Мама меня больше любила, сестра".

Ближе к окончанию игры эти артефакты объединяются в единое устройство — «Монолит» — которое в комбинации с особой машиной даёт пользователю практически неограниченную пси-силу. В попытке остановить это, к Ник возвращает свою память. Генерал использует это устройство на себе, но Ник его побеждает.

После гибели генерала устройство разрушается на артефакты. Прибывает три военных вертолёта чтобы забрать их, не беспокоясь о жизнях Ника и Сары. В финальном видео Ник уничтожает один из вертолётов телекинезом. Затем экран темнеет и появляется фраза «ПРОДОЛЖЕНИЕ СЛЕДУЕТ».