Одной из самых главных особенностей геймплея игры является нанокостюм, в который одет главный герой. Кроме защиты тела от ранений, нанокостюм способен распределять свою энергию для придания определённых способностей своему носителю.
В Crysis появилась возможность модифицировать оружие, изменяя его для большей эффективности боя в разных условиях. На оружие можно поставить оптические прицелы, подствольные гранатомёты, глушители, тактические фонари и прочие модификации, которые наиболее подходят под ситуацию.
Игровой искусственный интеллект (AI) врагов существенно улучшен по сравнению с Far Cry, он стал более реалистичным и правдоподобным. Вражеские солдаты постоянно используют тактические манёвры, работают в команде, скрываются и устраивают засады на местности, а также адаптируются к изменяющейся окружающей среде и условиям. Искусственный интеллект солдат также реагирует на звуки и движения, вызванные движением игрока.Пока вражеские солдаты не вовлечены в бой, они показывают типичное и вполне жизненное поведение. Они курят, зевают, разговаривают, испражняются, ремонтируют машины, патрулируют местность, приветствуют вышестоящих офицеров и т. д. Иногда эти действия зависят от того, был ли игрок обнаружен ранее. Если Номад не был увиден в некоторых миссиях, он может найти врагов, спящих после его прибытия к месту назначения. Если протагонист будет замечен, поднимется тревога, и враги будут предупреждены.

Мультиплеер может осуществляться как через Интернет, так и через локальную сеть. В мультиплеере Crysis поддерживается до 32 игроков на карте. Боты в мультиплеере отсутствуют. Есть два различных режима игры: Instant Action (мгновенные действия), являющийся стандартным Deathmatch; и Power Struggle (борьба за власть), где играют две противостоящие команды, каждая из которых пытается разрушить штаб соперника.
28 августа 2006 года на выставке Games Convention 2006, которая проводится в Лейпциге в Германии, Crytek впервые демонстрировала сетевую (многопользовательскую) составляющую Crysis. Демонстрировался режим «Power Struggle». Также посетителям выставки была предоставлена возможность бесплатно поиграть в этот режим по локальной сети на четырнадцати ПК.
Официальный набор мультиплеерных карт, который включает три карты режима Power Struggle и две — режима Instant Action, был выпущен 24 декабря 2007 года под названием Crysis Tournament Map Pack.