В основе сюжета игры лежит культовое произведение российского автора Дмитрия Глуховского «Метро 2033».
…Весь мир лежит в руинах. Человечество уничтожено практически полностью. Из-за высокого уровня радиации полуразрушенные города стали непригодны для жизни. За их пределами, по слухам, начинаются бесконечные выжженные пустыни и дебри мутировавших лесов. Выжившие ещё помнят о былом величии человека. Но остатки цивилизации постепенно становятся лишь воспоминаниями, обрастают небылицами и превращаются в легенды.
Эпоха человека закончилась.
Но они не хотят в это верить. Их всего несколько десятков тысяч, и они не знают, выжил ли кто-то ещё, или они – последние люди в этом мире. Они живут в Московском метро - самом большом противоатомном бомбоубежище, когда-либо построенном человеком. В последнем убежище человечества. Почти все они оказались в метро в Тот день, и это спасло им жизнь. Гермозатворы защищают их от радиации и чудовищных созданий с поверхности, изношенные фильтры очищают воду и воздух. Собранные умельцами динамо-машины вырабатывают электричество, на подземных фермах выращивают шампиньоны и свиней, но те, кто победнее, не брезгуют и крысятиной. Центральная система управления распалась уже давно, и станции превратились в карликовые государства, люди на которых сплочены вокруг идей, религий, фильтров для воды или просто из-за необходимости отражать нападения противника.
ВДНХ – крайняя северная обитаемая станция метро на своей линии. Северный форпост человечества и цивилизации. Здесь живут несколько сотен крепких, дружных людей, относящихся к станции как к своему любимому дому. Она была одной из лучших в метро, пока оставалась в безопасности. Но сейчас станцию атакуют орды спускающихся сверху загадочных существ, которых жители ВДНХ называют «чёрными». Жителям пока удаётся сдерживать их натиск, но это становится всё сложнее. Если станция падёт, чёрная лавина может захлестнуть всё метро. Артёму, молодому парню, живущему на ВДНХ, дают задание – пробраться в сердце метро, легендарный Полис, чтобы оповестить всех о страшной опасности и попросить о помощи. В руках одного человека оказывается судьба ВДНХ, судьба всего метро, и может быть, судьба всего человечества…
В этом мире, игроков ждет чрезвычайно разнообразный и динамичный геймплей. Им предстоит столкнуться с разными политическими режимами (рыночная демократия, тоталитарные секты, военный коммунизм и пр.), сразиться с опасными противниками и новыми разумными формами жизни, порожденными катастрофой и мутациями. Исследовать необычный, и в тоже время во многом знакомый мир и его законы (группировки и отношения между ними, вражда фракций и торговые отношения, аномалии и противники с необычными способностями).